Unutrašnje organizacione jedinice Zavoda su:

• SEKTOR ZA METROLOŠKU SLJEDIVOST I DRŽAVNE ETALONE
  - Odsjek za masu
  - Odsjek za duzinu
  - Odsjek za zapreminu
  - Odsjek za vrijeme i frekvenciju
  - Odsjek za električne veličine
  - Odsjek za temperaturu
  - Odsjek za fizičko-hemijske veličine
  - Odsjek za metrologiju jonizujućih zračenja
• SEKTOR ZA OVJERAVANJE MJERILA
  - Odsjek za mjerila koja se koriste u prometu roba i usluga
  - Odsjek za mjerila koja se koriste u zdravstvu, veterinarstvu i opstoj bezbjednosti
  - Odsjek za mjerila koja se koriste u zastiti imovine, zivotne sredine, zastiti na radu i zastiti od nezgoda
  - Odsjek za mjerila koja se koriste za nadzor saobraćaja
• ODJELJENJE ZA DRAGOCJENE METALE
• ODJELJENJE ZA INSPEKCIJSKI NADZOR
• ODJELJENJE ZA MEĐUNARODNU SARADNJU I EVROPSKE INTEGRACIJE
• REFERAT ZA SISTEM KVALITETA
• SLUŽBA ZA OPŠTE POSLOVE, FINANSIJE I INFORMACIONI SISTEM